Ziel des Instituts ist es, durch die Weiterentwicklung, Systematisierung und Vermittlung von Wissen zu gleichstellungsorientierten Strategien und Prozessen in Verwaltung, Politik und privaten Organisationen einen Beitrag zur Durchsetzung der materiellen Chancengleichheit von Frauen und Männern im Sinne des Art. 3 Abs. 2 und 3 GG zu leisten. 

Um dieses Ziel zu erreichen, wird das häufig "geschlechterblinde" Wissen zu Management, Steuerung und Gestaltung politischer Strategien sowie zu Strukturen und Arbeitsabläufen in öffentlichen und privaten Organisationen mit den Erkenntnissen der Frauen-, Männer- und Geschlechterforschung verbunden. Dadurch wird ein systematisches gleichstellungsorientiertes Gestaltungswissen für unterschiedliche Handlungsfelder in Politik und Organisationen aufgebaut. 

Mit dem Institut soll ein dauerhaftes bundesweit aktives Gleichstellungsinstitut entstehen, das Akteurinnen und Akteuren aus Politik, Verwaltung, Wirtschaft und Zivilgesellschaft als Beratungs- und Forschungseinrichtung zur Verfügung steht.